本发明涉及海绵铁与微生物协同去除硫酸盐和Ｚｎ（Ⅱ）废水的方法；该方法在厌氧条件下，将海绵铁溶液Ａ、硫酸盐还原菌的菌悬液Ｂ和铁还原丛毛单胞菌的菌悬液Ｃ以体积比为１：１：１～１：３：４混合，陈化４０?６０ｍｉｎ，反应结束后，用脱氧去离子水反复洗涤，在无菌生理盐水中浸泡；得到海绵铁与硫酸盐还原菌／铁还原菌的混合物；所得海绵铁与硫酸盐还原菌／铁还原菌的混合物与硫酸盐和Ｚｎ（Ⅱ）废水混合，常温下反应２０小时以上，同时净化废水硫酸盐和Ｚｎ（Ⅱ）。本发明方法对Ｚｎ（Ⅱ）金属的去除率达到９１％以上，所需设备简单、操作方便，反应在常温常压下完成，产物为固相，反应体系为液相，产物容易分离，适用于规模化工业生产。