本发明公开了海绵铁与微生物协同去除硫酸盐和Cr(Ⅵ)废水的方法；该方法在厌氧条件下，将海绵铁溶液A、)硫酸盐还原菌的菌悬液B和铁还原菌的菌悬液C以体积比为1：1：1～1：3：4混合，陈化30～60min，反应结束后，用脱氧去离子水反复洗涤海绵铁/微生物微球，在无菌生理盐水中浸泡；得到海绵铁与硫酸盐还原菌/铁还原菌的混合物；所得海绵铁与硫酸盐还原菌/铁还原菌的混合物与硫酸盐和Cr(Ⅵ)废水混合，常温下反应24小时以上，同时净化废水中硫酸盐和Cr(Ⅵ)。本发明方法对Cr(Ⅵ)金属的去除率达到89％以上，所需设备简单、反应在常温常压下完成，产物为固相，反应体系为液相，产物容易分离，用于大规模工业生产。