本发明公开了一种利用超声加热技术制备稳定小分子团水的装置及方法。所述装置包括进水管、原水泵、去离子设备、超声加热设备、出水管；进水管与原水泵、去离子设备、超声加热设备、出水管顺次连接；所述去离子设备由活性炭过滤器、反渗透膜组件和混合床组成，所述活性炭过滤器与反渗透膜组件、混合床顺次连接；所述超声加热设备由第一超声槽、第二超声槽、超声加热槽、热浴装置和第三超声槽组成，其中第一超声槽与第二超声槽、超声加热槽和第三超声槽顺次连接，且热浴装置与超声加热槽连接本发明制备方法简单，能连续操作，流通量大，经济性好；制备的小分子团水团簇分子少，渗透率高，易于吸收，同时能长时间保持小分子团水的特性，稳定性好。