本发明公开了一种利用磁化冷冻技术制备稳定小分子团水的装置及方法。所述装置包括进水管、原水泵、去离子设备、磁化冷冻设备和出水管；进水管与原水泵、去离子设备、连接磁化冷冻设备、出水管顺次连接；去离子由活性炭过滤器、反渗透膜组件和混合床组成；去离子设备中活性炭过滤器与反渗透膜组件、混合床顺次连接；磁化冷冻设备由第一超声磁化槽、第二超声磁化槽、超声冷冻槽、冷浴装置和超声槽组成；磁化冷冻设备中第一超声磁化槽与第二超声磁化槽、超声冷冻槽、超声槽顺次连接，且冷浴装置与超声冷冻槽连接。本发明制备方法简单，经济性好；制备的小分子团水团簇分子少，渗透率高，易于吸收，同时能长时间保持小分子团水的特性，稳定性好。