本发明公开了一种表面包覆改性多孔磷酸钙陶瓷微球及其制备方法与应用，包括：1)将磷酸钙陶瓷粉体、赋形剂和造孔剂均匀混合，得到固相混合物，将粘结剂溶液加入固相混合物中，均匀混合，获得可塑性湿物料；2)将可塑性湿物料装入到挤出滚圆机的挤出装置中，得到条形圆柱物料，再将该物料倒入滚圆装置中，滚动得到微球；3)将生物活性粉体加入到滚圆装置的微球中，得到表面包覆生物活性物质的微球；4)将微球干燥后置于烧结炉中高温烧结，得到表面包覆改性多孔磷酸钙陶瓷微球。本发明方法制备的表面包覆改性多孔磷酸钙陶瓷微球的尺寸及多孔结构可适配性调整，表面具备高生物活性，作为骨缺损填充修复材料有着很好的应用前景。