本发明开发了一种从富硒灵芝菌丝体中提取硒?甲基硒代半胱氨酸的方法。该方法通过控制氮气及氧气比例，使用几丁质酶及不同浓度梯度的磷酸二氢铵溶液充分释放菌丝体中的目标硒代氨基酸，最后使用制备型高效液相色谱串联电感耦合等离子体质谱进行分离。本发明填补了从富硒真菌中提取硒?甲基硒代半胱氨酸的技术空缺，采用本方法硒?甲基硒代半胱氨酸的提取率高达90％，且方法简单，效果稳定。