本发明公开了脉冲电场强化降解制备低聚原花青素的方法，该方法以高聚原花青素为原料，利用脉冲电场辅助降解制备低聚原花青素。具体是高聚原花青素溶解、添加亚硫酸盐、脉冲电场处理、分离、醇洗脱杂、纯化、浓缩、干燥得低聚原花青素。脉冲电场处理是将高聚原花青素溶液泵入脉冲处理室中进行处理，电场强度为４０－６０ｋＶ／ｃｍ，脉冲宽度为５０－１２０μｓ，脉冲频率为１００－３０００Ｈｚ，脉冲波形为平方波，脉冲处理时间为３－２０ｍｓ；本发明的制备方法可行、电场处理时间短，实用性强、节能环保、从而拓展了高聚原花青素在药品、食品、化妆品及保健品领域的应用的范围。