本发明公开了一种用于光热治疗的水溶性共轭聚合物及其聚合单体、制备方法与应用。本发明水溶性共轭聚合物的化学结构如式(Ⅱ)所示。本发明水溶性共轭聚合物在水溶液中溶解性好，具有优异的生物相容性，无需包覆处理，可直接用于光热治疗，操作简便；具有纳米尺寸，易于进入细胞；侧链含有极性基团，具有靶向性，能定位细胞内细胞器；具有优异的光稳定性能和化学性能，同时还具有高的光热转化效率，可实现近红外一区或二区光热治疗，治疗效率高，副作用少。本发明水溶性共轭聚合物的制备方法原料易得、合成条件温和，制备方法简单，提纯便捷，易于实现，极具应用前景。