本发明公开了一种高活性甘蔗花色苷的制备方法。该方法包括:1)取榨汁后的甘蔗渣，晾干，破碎，加入蒸馏水；将纤维素酶，半纤维素酶，果胶酶混合配制复合酶，灭菌，加入到反应液中，浸提，灭酶，离心，真空浓缩，得甘蔗花色苷粗提液；2)将粗提液经装有大孔吸附树脂第一段色谱柱进行除盐，提取剂洗脱后，真空浓缩，得花色苷溶液；3)用酸调节后，再经装有葡聚糖凝胶树脂的第二段色谱柱，收集洗脱液，真空浓缩，浓缩液为花色苷纯化液；4)冷冻干燥，得花色苷纯化物。本发明以甘蔗皮或甘蔗渣为原料提取花色苷，将制糖生产后的废弃物变废为宝，提高了甘蔗的利用率，延长了甘蔗的生产链，大大提高了甘蔗的附加价值。