本发明公开了一种胍基离子液体催化葡萄糖异构制备果糖的方法。该方法以胍基离子液体为催化剂，以水为反应介质，在葡萄糖初始反应浓度为0.05～4mol/L，胍基离子液体催化剂对葡萄糖的摩尔分数为0.5％～40％，氮气压力为0.5～1.2MPa，反应温度为60～120℃，反应时间为2～60min的条件下实现了葡萄糖的选择性的异构制备果糖。本发明方法催化体系具有无毒、生物可降解、绿色环保，催化活性高、果糖选择性高的特点，本发明方法反应条件温和，反应时间短，催化剂具有良好的重复利用性能。