本发明属于生物质化学品制备技术领域，公开了一种微波辅助有机酸制备低聚木糖的方法。所述方法为：脱蜡玉米芯磨碎筛分后用ＮａＯＨ溶液进行抽提，过滤，滤液用ＨＣｌ溶液调ｐＨ，减压浓缩，加入乙醇沉淀，过滤，洗涤，冷冻干燥，得到半纤维素组分；然后将半纤维素、有机酸及水进行超声处理，置于微波反应器中，在微波功率为４００～６００Ｗ，温度为１２０～１４０℃条件下反应１０～３０ｍｉｎ，反应结束冷却，抽滤分离，收集水解液，得到产物低聚木糖。本发明的方法无无机酸和有机溶剂的加入，并采用微波为热源，具有副产物少、低聚木糖产率高和绿色环保的优点。