本发明涉及一种低血凝活性且高α－葡萄糖苷酶活性的芸豆凝集素的制备方法。具体包括下列步骤：芸豆粗提物的制备；硫酸铵沉淀；亲和层析；离子交换层析；以１０－５０ＭＰａ的压力均质；以５－５０ｋＶ／ｃｍ的电场强度的脉冲电场处理；将处理后的芸豆凝集素取出，经冷冻干燥得到芸豆凝集素粉末。本发明发现经过这种方法处理以后，对比８０－１２０℃热处理２０－４０ｍｉｎ，芸豆凝集素的血凝活性降低同时α－葡萄糖苷酶抑制活性大部分保留，即一方面有效的降低了芸豆的抗营养性，另一方面提高了其有益的α－葡萄糖苷酶抑制活性。