本发明公开了一种香蕉低聚糖的提取方法。提取方法包括选取果实、微波处理、去皮、打浆、超高压提取低聚糖、抽滤分离和膜浓缩等工艺。本发明采用微波技术、超高压提取、膜处理技术获得香蕉低聚糖浓缩液，全部过程在室温或者低温条件下完成，提高了提取效率，同时保护了热敏性低聚糖成分。