本发明公开了一种水相中微波辐射制备壳聚糖季铵盐的方法。它是以壳聚糖为原料，以２，３－环氧丙基三甲基氯化铵为季铵化试剂，在碱性水溶液中，在微波辐射的条件下，发生亲核取代反应，经过分离纯化得到壳聚糖季铵盐产品。微波的输出功率为４００～７００Ｗ，辐射时间为３０～８０ｍｉｎ，反应温度为７０～８５℃。当壳聚糖与２，３－环氧丙基三甲基氯化铵的摩尔比为１∶４～１∶１０之间时，在上述条件下，得到的壳聚糖季铵盐产品的取代度为１５～９０％。采用本发明的方法制备壳聚糖季铵盐，具有反应时间短，反应效率高，易控制反应条件且操作简单，绿色无污染并且重现性高等特点。