本发明属于高分子化合材料领域，公开了一种壳聚糖化学改性的功能衍生物Ｏ－季铵化－Ｎ－硫脲壳聚糖及其制备方法与应用。所述Ｏ－季铵化－Ｎ－硫脲壳聚糖的制备方法包括如下步骤：以壳聚糖为原料与苯甲醛反应生成壳聚糖希夫碱，再与２，３－环氧丙基三甲基氯化铵进行反应制得Ｏ－季铵化－Ｎ－壳聚糖希夫碱；利用甲醇－盐酸溶液对Ｏ－季铵化－Ｎ－壳聚糖希夫碱Ｃ２位的氨基进行脱保护后得到Ｏ－季铵化壳聚糖，将Ｏ－季铵化壳聚糖加入到硫氰酸铵和氯乙酰氯混合液中反应即可得到Ｏ－季铵化－Ｎ－硫脲壳聚糖。所述Ｏ－季铵化－Ｎ－硫脲壳聚糖在抗菌性相比壳聚糖有了很大的提高，可以应用到抗菌材料、日用化学产品、工业废水处理等众多应用领域。