本发明公开了一种磷酸化壳聚糖衍生物及其制备方法与应用。本发明采用PBTCA(2?磷酸基?1,2,4?三羧酸丁烷)作为磷源，在适宜的pH条件下与EDC(1?(3?二甲氨基丙基)?3?乙基碳二亚胺盐酸盐)反应，生成不稳定的酯，再与咪唑反应形成稳定的化合物，最后与壳聚糖反应生成磷酸化壳聚糖衍生物。本发明所述方法安全、环保，能够避免传统方法在生产过程中对人体健康的损害，以及引起的环保问题，为壳聚糖的磷酸化改性提供了一条新思路和途径。