本发明公开了一种氟硅共聚丙烯酸树脂及其制备方法与应用；制备方法是将部分有机溶剂加入到反应釜内并加热到65～90℃，向反应釜内加入部分引发剂；将含氟丙烯酸酯单体、有机硅改性的单乙烯基单体、丙烯酸酯单体、丙烯酸酯交联单体均匀混合后滴加到反应釜内，滴加完后保温；将剩余引发剂用剩余的有机溶剂溶解后滴加到反应釜内，升温至95～100℃，恒温1～2小时，冷却至室温。本发明氟硅共聚树脂不含C8及以上的含氟烷基链，满足环保需求，同时利用相对较长的硅氧烷侧基进一步改善树脂的性能能极大地改善石材和织物的表面防水和抗污性能，且能良好地溶于乙酸丁酯等有机溶剂，可大规模生产。