本发明公开了生物催化制备含木糖阳离子聚合物的方法。该方法首先以吡啶／正己烷双溶剂为反应介质，加入木糖、固定化脂肪酶和甲基丙烯酸乙烯酯，在温度为３０～６０℃、常压下反应合成了木糖酯单体。再以亚硫酸氢钠、过硫酸钾组成氧化还原引发体系，采用制备的木糖酯单体、丙烯酰胺、丙烯酰氧乙基三甲基氯化铵以及去离子水制备含木糖阳离子聚合物。本发明用酶法合成木糖酯单体，克服了现有技术中化学合成法步骤繁琐、反应效率低、污染环境、选择性低等缺点；具有反应条件温和、环境友好、反应过程简单可控、产物易从反应混合体系中分离的优点。