本发明属于高分子材料技术领域，公开了一种导热聚丁二酸丁二醇酯离聚物及其制备方法和应用。所述制备方法包括以下步骤：在惰性气氛下，将丁二酸和丁二醇混合，搅拌并加热反应，再加入催化剂，抽真空同时升温至200～220℃反应0.5～2.5h，得到聚丁二酸丁二醇酯预聚物，然后降温至135～155℃，加入离子单体，抽真空反应1.5～3.5h，最后通氮气并加入扩链剂进行反应，反应结束后冷却至室温得到所述导热聚丁二酸丁二醇酯离聚物。将上述导热聚丁二酸丁二醇酯离聚物进行热压处理，制备得到片状样条，然后进行拉伸处理，即制备得到所述各向异性导热聚丁二酸丁二醇酯离聚物。