本发明公开了端环氧硅油改性的端羧基超支化聚酯及其制备方法与应用。该方法先将二元醇和三元酸混合均匀后加热至７０～９０℃，加入端环氧基硅油和二甲苯；再在１８０～２１０℃下加热１～３ｈ后，升温至２２０～２４０℃，加热１～３ｈ后；然后降温至９０℃，加入有机溶剂，有机硅低聚物和交联催化剂；加热至１１０～１２０℃，加热２～３ｈ；降温至９０℃。本发明所述方法制备的树脂可以用于制备耐高温低表面能涂料。该方法将在合成端羧基超支化聚酯时加入端环氧基硅油，提高聚酯的耐热性能和柔韧性；将有机硅低聚物和聚酯进行交联反应，提高聚酯的耐热性能。本发明所述方法制备的树脂可以用于制备耐高温涂料。