本发明公开了有机硅改性端羟基超支化聚酯树脂及具制备方法与应用，该方法由以下步骤组成：将三元醇和间苯二甲酸混合均匀后加热至７０～９０℃，加入端氨基硅油和二甲苯；在１８０～２１０℃下加热１～３ｈ后，升温至２２０～２４０℃，加热１～３ｈ后；降温至９０℃，加入有机溶剂，有机硅低聚物和１～５％的交联催化剂；加热至１１０～１２０℃，加热２～３ｈ；降温至９０℃，最后加入有机溶剂调整固含量为６０～７０％。该方法将在合成聚酯时加入端氨基硅油，提高聚酯的耐热性能和柔韧性；将有机硅低聚物和聚酯进行交联反应，提高聚酯的耐热性能。本发明所述方法制备的树脂可以用于制备耐高温涂料。