本发明公开了端氨基硅油改性端羧基超支化聚酯树脂及其制备方法与应用，该方法将二元醇和三元酸混合均匀后加热至７０～９０℃，加入端氨基硅油和二甲苯；在１８０～２１０℃下加热１～３ｈ后，升温至２２０～２４０℃，加热１～３ｈ后；降温至９０℃，加入有机溶剂，有机硅低聚物，环氧树脂和交联催化剂；加热至１１０～１２０℃，加热２～３ｈ；降温至９０℃。该方法将在合成端羧基超支化聚酯时加入端氨基硅油，提高聚酯的耐热性能和柔韧性；将有机硅低聚物和聚酯进行交联反应，提高聚酯的耐热性能。本发明所述方法制备的树脂可以用于制备耐高温涂料。本发明所述方法制备的树脂可以用于制备耐高温低表面能涂料。