本发明属于生物医用抗菌材料的技术领域，公开了一种阳离子型胆酸聚酯类抗菌肽及其制备方法与应用。所述阳离子型胆酸聚酯类抗菌肽为式I或式II中一种以上，式I、式II中，m为＞0的整数，n为＞0的整数。本发明还公开了阳离子型胆酸聚酯类抗菌肽的制备方法。本发明的胆酸聚酯类抗菌肽有较高表面正电荷，对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌和铜绿假单胞菌具有明显的抗菌能力，且具有良好的血液相容性。同时，本发明的胆酸聚酯类抗菌肽作为抗菌涂层对金黄色葡萄球菌具有明显的抑菌作用。本发明阳离子型胆酸聚酯类抗菌肽用于生物医用材料领域。