本发明公开了一种具有两亲性淀粉纳米粒子及其制备方法，包括如下步骤：(1)将淀粉原料用醋酸?醋酸钠缓冲溶液配成淀粉浆液，并调节pH至4.5～6.5，沸水浴糊化后，冷却至酶适温度，加入脱支酶持续搅拌，再沸水浴加热，然后离心分层，获得上清液为短直链淀粉分散液；将蛋白溶解于乙醇水溶液中，搅拌使其充分溶解，制得蛋白分散液；(2)将蛋白分散液逐滴滴加到短直链淀粉分散液中，充分混合后持续搅拌，离心分层，将所得上清液进行重结晶，真空浓缩或离心，干燥后即得到具有两亲性的淀粉纳米粒子。该发明工艺简单，产品呈现纳米级球形，粒径范围在200～500nm，接触角为72～81°，可用于食品级微胶囊壁材、乳化剂和药物递送载体。