本发明公开了碱性离子液体微乳液体系中制备淀粉纳米微球的方法。该方法通过两步法合成离子液体［Ｃ３ＯＨｍｉｍ］Ａｃ；将烘干的淀粉原料加入到［Ｃ３ＯＨｍｉｍ］Ａｃ中，至淀粉完全溶解，随后加入环己烷、表面活性剂和助表面活性剂，制备油包离子液体型微乳液，加入交联剂环氧氯丙烷，反应后，经冷却、干燥等处理，得淀粉纳米微球。本发明能够很好的控制微球粒径尺寸和形貌，保证微球具有良好的分散稳定性以及吸附性，同时淀粉纳米微球粒径较小且分布集中，具有良好的生物相容性和降解性，并且在体内不会产生抗原性，可以作为药物、香精香料等小分子物质的载体而广泛应用于医药、食品领域。